Великая жатва закончилась в 2186 году. Капитан Шепард привел органические расы к победе и отключил древний искусственный интеллект. Никто не знает, что произошло на Цитадели, но Джон Шепард впал в глубокую кому. Проходит несколько лет, галактика восстанавливается от полученных ран. Сеть ретрансляторов постепенно восстанавливается общими силами органиков. К 2191 году, капитан Шепард внезапно выходит из комы и сразу же приступает к своим обязанностям. Казалось, что все идет своим чередом, но так ли это на самом деле? Наступил золотой век или же тьма просто притаилась и ждет своего часа?